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在細胞生物學中，流式細胞術的一種常見用途就是檢測和定量樣品中存在的細胞類型。由于不同的細胞類型在其表面上表達的蛋白不同，因此可實現細胞檢測。
人外周血單核細胞 (PBMC) 可以使用免疫表型分析分為各種細胞類型。在此實驗中，使用靶向細胞表面的 CD3、CD4 和 CD8 蛋白的抗體檢測 T 細胞并進一步細分為 2 種主要亞群。CD3 是一種在所有 T 細胞中均表達的蛋白，它將 T 細胞與其他白細胞（中間、粉色細胞群）區分。一旦選擇了 T 細胞，CD4+ 和 CD8+ 細胞群就很容易區分。該實驗還使用了一種死活細胞鑒定染料，以便從分析中排除死細胞。
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